Форт был построен 1838-45 гг по проекту и под руководством инженер- полковника Фон дер Вейде. Задачей форта был контроль над Южным фарватером системой перекрестного огня совместно с фортами Петр I, Рисбанк (Павел) и Кроншлот.
Форт выстроен в форме "боб" размерами 90х60 метров, имеет 4 боевых яруса, на коих может разместиться 137 орудий, и приспособлен к ведению круговой обороны. Форт был введен в строй 27 июля 1845 года. В этот день император Николай I посетил форт, "истребовали себе кушанье от рабочих и изволили одобрить, а также пожаловали рабочим людям по 50 коп. серебромъ".
Форт никогда не участвовал в боевых действиях, однако произвел большое впечатление на командующего союзной эскадрой адмирала Непира во время Крымской войны (впрочем, надо сказать, что основные неприятности для англичан в Финском заливе в ту пору доставили не пушки, а морские мины в сочетании с ряжевыми преградами).
В 1860-х гг с распространением нарезной артиллерии, взамен гладкоствольной, форт утратил свое боевое значение, использовался в качестве склада мин и боеприпасов и в 1896 г был выведен за штат.
В 1894 г. А. Йерсеном был открыт возбудитель чумы. Тогда-же в России была создана "Особая комиссия для предупреждения чумной заразы и борьбы с нею в случае ее появления в России" - КОМОЧУМ. Председателем комиссии назначили принца А.П.Ольденбургского.
Форт Александр был идеальным местом для организации чумной лаборатории - полная изоляция и вместе с тем, не далеко от города. 26 января 1897 года форт перешел в ведение Института Экспериментальной Медицины. Первым заведующим стал ветеринарный врач М.Г.Тартаковский.
В форту было устроено два отделения - заразное и незаразное, был целый зверинец, в том числе до 16 лошадей, из крови которых вырабатывали противочумную сыворотку. Имелись помещения для жилья и отдыха, а также для приема гостей и проведения научных конференций. Допуск на форт был строго ограничен. Сообщение с внешним миром усуществлялось параходиком под названием "Микроб".
Кроме чумы здесь также изучались и вырабатывались сыворотки против других опасных болезней - сыпного и возвратного тифа, столбняка, холеры, дизентерии и скарлатины.
Работа в лаборатории была смертельно опасным делом. Несмотря на строгий распорядок, здесь было две вспышки чумы - в 1904 и 1907 гг. Среди погибших - В.И.Турчанинов-Выжникевич, зав лабораторией. Тела сжигали здесь же в кремационной печи форта.
В 1917 году лаборатория была расформирована, оборудование вывезено. Форт попал в руки военных. Видимо, некоторое время здесь были какие-то склады, возможно даже что-то вроде гауптвахты (странные бетонные помещения третьего яруса).
